肛門腔內超聲檢查一般不會產生疼痛，因為超聲探頭比較細小，大多數人群都可以忍受。如果比較敏感，可能會有疼痛感。肛門腔內超聲檢查是針對肛門疾病的檢查方式，常見的疾病有肛周膿腫、痔瘡、直腸脫垂等。

1、肛周膿腫：是位于肛門周圍皮下間隙內的膿腫，大多繼發于肛腺感染。患者進行肛門腔內超聲檢查時，探頭會將探頭放于肛門內，進行超聲檢查。由于探頭比較細小，一般不會對皮膚以及周圍組織造成損傷，所以檢查時不會產生疼痛。但是如果對痛覺比較敏感，患者可能會感到疼痛;

2、痔瘡：是比較常見的肛門直腸疾病，痔瘡患者進行肛門腔內超聲檢查時，可以清晰地顯示出痔核的大小、數目、位置等。由于痔核在肛門腔內，所以進行肛門腔內超聲檢查時一般不會產生疼痛，如果痔核體積較大，在排便過程中，痔核可能會脫出肛門外，刺激周圍皮膚后引起疼痛;

3、直腸脫垂：指的是直腸壁部分或全層向下移位，發病原因與年老體弱、營養不良、腹內壓頻繁增高有關。如果進行肛門腔內超聲檢查時，探頭放置于肛門內，可能會對直腸黏膜造成刺激，進而引起疼痛。

除此之外，如果是進行直腸息肉、直腸黏膜環切吻合術等，也需要進行肛門腔內超聲檢查。在檢查過程中，需要暴露肛門，而且要將探頭伸入肛門內，進行組織學檢查。如果在進行這項檢查時感到疼痛，建議及時告知醫生，在醫生指導下做好準備工作后再進行檢查。