超聲做肛腸檢查有優勢，如能夠對肛門、直腸等部位進行清晰的檢查，可以觀察到局部是否有占位性病變，也可以明確局部病變的具體性質。

1、對肛門部位：對于肛門病變，可以清晰顯示局部有無痔瘡、肛裂、肛瘺、直腸息肉、肛周膿腫、直腸癌等病變。因為超聲做肛腸檢查時，可以對以上疾病作出明確診斷，可以指導后續治療;

2、對直腸部位：如果直腸存在局部占位性病變，比如直腸息肉，超聲做肛腸檢查可以明確息肉的具體位置、大小以及病變范圍，可以指導后續治療。因為超聲做肛腸檢查是在直腸內進行檢查，所以，一般不會對直腸造成損傷;

3、對肛門周圍：超聲做肛腸檢查可以對肛門周圍的病變做出明確診斷，比如肛周膿腫、肛瘺、痔瘡、皮脂腺囊腫等疾病。因為超聲做肛腸檢查時，可以清晰顯示肛周是否有膿腫、皮脂腺囊腫，以及明確局部病變范圍;

4、對男性前列腺部位：男性做超聲做肛腸檢查，可以明確前列腺的具體大小，以及是否存在占位性病變。因為男性經常久坐，容易導致前列腺充血、腫大;

5、女性子宮部位：超聲做肛腸檢查可以明確子宮的具體大小，以及是否存在占位性病變。因為超聲做肛腸檢查時，不需要進入陰道內，所以一般不會引起女性的陰道疼痛癥狀。

此外，超聲做肛腸檢查時，由于是在體外進行檢查，所以可能會因為局部干擾影響到檢查結果的準確性。如果患者存在便血、大便不成形、腹瀉等癥狀時，超聲探頭在經過腸道后，也不能清晰顯示局部病變，可能會遺漏。