超聲內鏡檢查一般不痛苦，因為超聲內鏡是無創檢查，是將內鏡探頭插入消化道進而獲取消化道圖像，通常沒有痛苦。超聲內鏡是診斷胃腸道病變的重要手段，而且超聲內鏡比較細膩，隨著技術進步，超聲內鏡也可以制作小鏡頭，可以附帶進行活檢或者治療操作，比如鉗夾病變或者透鏡下局部切除等。

1、胃部疾病：如胃、食管、十二指腸疾病，可以通過超聲內鏡進行檢查，對病變可以進行初步定位，也可以明確組織的病理變化。因為超聲內鏡是無創性檢查，所以一般不痛苦，但可能會有惡心、嘔吐等不適癥狀;

2、食管疾病：如食管狹窄、食管憩室、食管腫瘤等疾病，也可以通過超聲內鏡進行檢查。由于是無創性檢查，相對來講不痛苦，但可能會有咽喉部不適感;

3、十二指腸疾病：如十二指腸球部潰瘍、十二指腸乳頭狀瘤、十二指腸息肉等疾病，由于局部沒有明顯的外傷，所以超聲內鏡檢查相對來講比較舒適，通常不會造成明顯不適感;

4、其他情況：超聲內鏡也可經口腔或者經肛門進行檢查，如果患者能夠耐受，且身體沒有過敏等不適癥狀，可以選擇此檢查方式。

超聲內鏡檢查時胃中的食物殘渣會隨著超聲探頭排出體外，因此整個檢查過程一般不會感覺痛苦。超聲內鏡是診斷胃腸道疾病最重要的檢查手段，且診斷準確率較高，必要時建議患者進行此檢查。