超聲檢查血栓是否痛苦，需要根據具體情況進行判斷。超聲檢查血栓主要是利用超聲波技術，對受檢者的血管進行掃描，從而明確血管內有無血栓的情況。

一、超聲檢查不痛苦的情況：

1、頸動脈血管超聲：對于頸動脈血管超聲，大部分受檢者不會產生痛苦，因為頸動脈血管超聲是通過注射造影劑，利用造影劑顯影的方式，或者通過超聲探頭將血管顯影的情況呈現在屏幕上，由于沒有皮下組織的阻擋，所以大部分血栓不會造成明顯的組織阻塞，更不會產生痛苦;

2、肢體血管超聲：肢體血管超聲是通過導管在皮膚下方進行穿刺，將導管送至皮膚下方，對血管進行超聲探查，通常沒有明顯的組織阻塞，所以大部分血栓引起的疼痛都比較輕微;

3、臟器血管超聲：臟器血管超聲檢查時無需進行麻醉，即使進行麻醉，術中也可以根據患者的具體情況進行選擇，部分醫院對疼痛比較敏感，所以會產生一定的痛苦;

4、其他超聲檢查：如肺動脈超聲、大腦動脈血管超聲等，均不會使受檢者產生痛苦。

二、超聲檢查痛苦的情況：

如果超聲檢查時發現血管內有血栓形成，此時會由于血流動力學改變，或者血栓影響周圍組織而出現不適感，如疼痛等。

如果受檢者存在血栓，建議及時到血管外科就診，由醫生通過多普勒超聲、CT血管造影等檢查明確具體病情，然后遵醫囑使用阿司匹林腸溶片、華法林鈉片等藥物進行治療。